Фильм I «Крепость». Начало 19 века. Западно-сибирские просторы. Беглый каторжанин, обессилив, падает вблизи поселения староверцев. Старцы приводят его к духовному отцу общины Филарету. Александр Лопарев служил мичманом в Петербурге и во время восстания на Сенатской площади не присягнул царю, за что был лишен всего и сослан в Сибирь. Филарет приказал освободить беглеца от оков, спрятать от чужих глаз и обеспечить уход за истощенным человеком. Молодой женщине Ефимии поручено ухаживать за Александром, но запрещено разговаривать с ним. Нравы у древних христиан суровые: за непослушание женщину могут сжечь, как еретичку. У Ефимии и Лопарева установились доверительные отношения. Она рассказывает ему о тяжести духа в общине, хотя зримых оков не увидишь. Сама она ищет путь к свободе духа и имеет поддержку в семье дяди Третьяка, которого изгнали из поселения за неподчинение Филарету. У молодых людей возникает притяжение друг к другу. Местные старцы дают Александру 5 дней на размышление, примет ли он их веру и останется ли в общине. Его отправляют в лесное стойбище, где ему предстоит все обдумать и дать ответ. В лес к Александру приходит Ефимия в греховном наряде – сарафане и признается, что она ищет у него любви, а не греховного блуда. Хотя она жена сына Филарета, но между ними нет любви, а он взял её силой. Девушка проводит ночь с возлюбленным. Ефимия понимает, что они не смогут выжить одни, и им путь – возвращение в общину. Утром она оставляет Александру охранную грамоту и поддельный паспорт, которыми он будет защищен в общине и сможет обрести силу и власть. С иконами и свечами общинники едут в лес к Лопареву. Он сообщает, что принимает веру. Александр показывает Филарету пачпот, в котором написано, что он, Лопарев, посланник Иерусалима. Все падают перед ним ниц. Лопарев возвращается в деревню. Через Ефимию он вступает в контакт с семьей Третьяка. Они готовят свержение Филарета, который держит в страхе всю деревню. На помощь селян бунтари не рассчитывают, но знают, что у Филарета есть тайный враг старец Калистрат.
Фильм II «Исход». Предатель закладывает Филарету Третьяка и его компанию. Мстительный Филарет решает, в первую очередь разделаться с Ефимией и Лопаревым. Он устраивает ссудный спрос у жителей деревни, после чего женщину объявили блудницей и ведьмой. Александра тем временем отправляют в лес, якобы, на охоту, где его избивают и бросают в овраг. Ефимию пытают. Её ребенка от сына Филарета душат, чтобы он не смог отомстить за муки матери, когда вырастет. Старцы одобряют зверства духовного властителя, и только единственный из них Калистрат, направляет против Филарета посох, которым ему приказано добить Ефимию, и повергает его с духовного престола. Калистрат развязывает плененную Ефимию. Трусливое окружение Филарета поет анафему своему бывшему духовнику, и старцы провозглашают новым праведником Калистрата, а Филарета сажают на цепь. В поселение возвращается дядя Ефимии Третьяк и агитирует сельчан перебираться глубже в Сибирь, в богатые природными ресурсами места. Сын Филарета Макей возвращается из похода и проклинает отца за убийство своего наследника и отвергает бога за то, что тот не сохранил ребенка. Его хотят казнить как еретика, но потом отпускают с миром. Ефимия не следует за мужем, а остается с Александром. Макей работает в городе грузчиком и проговаривается, что в общине живет барин. Власти посылают конный отряд в поселение. Третьяк и Калистрат выдают Лопарева и его забирают из избы Ефимии. Не желая жить без любимого, она поджигает изнутри свою избу и сгорает в ней. Власти не хотят разбираться, кто прав, кто виноват в общине, и выгоняют людей из поселения. Им даются сутки на сборы. Конец лета, урожай ещё не собран, но общинники вынуждены, наспех собрав пожитки, покидать насиженные места. Обозы движется в Сибирь на Енисей. Впереди голодная зима.